Kiedy 28 kwietnia 1939 roku Adolf Hitler przemawiając w Reichstagu zrywał polsko-niemiecki układ o nieagresji, na granicy obu państw trwała już mała, jak byśmy dziś powiedzieli, wojna hybrydowa. Na pozór co prawda nic się nie zmieniło i nawet baczny obserwator pogranicza nie dostrzegał żadnych zmian w ukompletowaniu i wyposażeniu placówek Straży Granicznej po stronie polskiej. Do służby wychodzili stale ci sami funkcjonariusze, co dotąd. Dopiero otwarta próba naruszenia granicy mogła ujawnić przyczajone na tyłach plutony wzmocnienia.
Cicha mobilizacja Straży Granicznej nastąpiła natychmiast, gdy oczywiste się stało, że Niemcom nie chodzi o spełnienie żądań, tylko o znalezienie pretekstu do zaognienia relacji z Polską i wywołania konfliktu. Już 1 marca na stanowisko Komendanta Głównego SG powołany został oficer regularnego wojska gen. bryg. Walerian Czuma. Zastąpił na tym stanowisku doświadczonego w pracy policyjnej Jana Jura-Gorzechowskiego, który dowodził Strażą Graniczną przez prawie cały czas jej istnienia, wcześniej zaś pełnił służbę w żandarmerii wojskowej. Nowe wyzwania wymagały nowego podejścia i nowego dowódcy.
Na długo przed otwartą agresją, prowadząc wciąż rozmowy pokojowe, Niemcy rozpoczęły wojnę hybrydową przeciw Polsce, aktywizując dywersantów, mieszkających na terenie naszego kraju oraz przesyłając przez granicę specjalne grupy dywersyjne. Do walki z próbującymi przekroczyć granicę emisariuszami niemieckich służb specjalnych przystąpili funkcjonariusze Straży Granicznej.
Ledwie Hitler wystosował 21 marca 1939 roku swoje memorandum zawierające niemieckie roszczenia, już 23 dnia tego miesiąca Polska zmobilizowała cztery dywizje na granicy z Niemcami. 17 kwietnia tego roku zarządzona została cicha mobilizacja SG. Wybrani mężczyźni narodowości polskiej, którzy nie ukończyli 36 lat mieli zameldować się w najbliższych komisariatach Straży Granicznej, gdzie czekało już na nich wyposażenie i broń. Operacja została przeprowadzona w absolutnej tajemnicy w ciągu 36 godzin. Funkcjonariusze plutonów wsparcia podjęli służbę dyżurną oraz patrolową i wartowniczą w drugiej linii, czyli nie w bezpośrednim sąsiedztwie granicy, a kilka kilometrów w głąb kraju.
Każda placówka Straży Granicznej otrzymała wsparcie plutonu wsparcia SG. W przededniu wojny stan formacji z początkowych około 5 tysięcy funkcjonariuszy wzrosły do 16 tysięcy.
Kiedy niemieckie grupy dywersyjne zaczęły operacje przeciw Polsce, na naszym terytorium oczekiwały ich silne jednostki graniczne. W każdym z 115 komisariatów rutynowo pełniło służbę około 15 funkcjonariuszy. Dodatkowo w plutonach wzmocnienia znajdowało się po 61 ludzi uzbrojonych w karabiny i rkm. Dawało to łącznie 16 tysięcy funkcjonariuszy i żołnierzy obsadzających całą pierwszą linię przyszłego frontu.
Zadaniem Straży Granicznej, zresztą podobnie jak jednostek Korpusu Ochrony Pogranicza, nie było pokonanie i odparcie wroga, a jedynie uniemożliwienie mu skrytego przekroczenia granicy państwowej, zaalarmowanie jednostek liniowych Wojska Polskiego, powstrzymanie natarcia sił przeciwnika na czas konieczny do rozwinięcia jednostek polskich, a następnie działania dywersyjne i opóźniające mające na celu spowolnienie tempa marszu wojsk nieprzyjacielskich. Z tego powodu w każdym z plutonów wzmocnienia powołano patrole saperskie wyposażone w znaczne ilości materiałów wybuchowych.
Niemieckie grupy dywersyjne składały się najczęściej z przedstawicieli lokalnej mniejszości niemieckiej, dobrze znających teren i mogących w miarę swobodnie obserwować cel planowanego ataku, którymi często kierował przysłany z Niemiec specjalista. Na zdjęciu grupa, która w nocy z 25/26 sierpnia 1939 dokonała napaści na polskie obiekty w Jabłonkowie.
Pierwsze starcia między Strażą Graniczną a nieregularnymi grupami dywersantów niemieckich miały miejsce już w kwietniu 1939 roku. Do prawdziwych bitew doszło jednak tuż przed rozpoczęciem działań wojennych. 6 sierpnia 1939 roku w okolicy Kamienicy Królewskiej (pow. kartuski) granicę przekroczył patrol niemiecki. W wyniku starcia z oddziałem Straży Granicznej Niemcy po stracie jednego swojego żołnierza wycofali się za granicę. W nocy z 23 na 24 sierpnia 1939 regularne siły niemieckie przeprowadziły serię ataków na obiekty Straży Granicznej. W Makoszowej pod Katowicami doszło do starcia z kilkusetosobowym oddziałem, który zaatakował stację kolejową i posterunek celny.
Niemieckie prowokacje zaczęły się od obalania polskich znaków granicznych. Z czasem przekształciły się one jednak w otwarte ataki na urządzenia graniczne i placówki SG.
Najpoważniejsze walki stoczono o tunele kolejowe na Przełęczy Łupkowskiej (23/24.08.39) i na Przełęczy Jabłonkowskiej (25/26.08.09). W obu przypadkach Straży Granicznej i wojsku udało się wyprzeć wojsko niemieckie z terytorium Polski.
W sierpniu 1939 r. zginęło lub zostało rannych w czasie służby kilkunastu strażników granicznych. Ich pogrzeby przeradzały się w antyniemieckie manifestacje. Noc poprzedzającą atak armii hitlerowskiej większość patroli minerskich spędziła w pobliżu obiektów przeznaczonych do zniszczenia. Z relacji strażników wynika, że większość zadań udało się zrealizować. (za Muzeum Polskich Formacji Granicznych)
Budynek stacji kolejowej w Jabłonkowie, o który oddziały WP i SG stoczyły walkę z niemieckimi dywersantami w nocy z 25/26 sierpnia 1939 r.
30 sierpnia 1939 roku na mocy ogłoszenia o mobilizacji powszechnej Straż Graniczna weszła w skład sił zbrojnych RP. Wojsko zostało zasilone przez 16.000 ostrzelanych już żołnierzy-funkcjonariuszy, w większości doskonale znających teren, na którym mieli walczyć i wyszkolonych w działaniach rozpoznawczych i antydywersyjnych. W ramach tych sił istniało 115 plutonów wzmocnienia i 115 komisariatów (każdy o równowartości ok. jednej czwartej plutonu), w tym 345 patroli saperskich wyposażonych łącznie w ok. 3,5 tony materiałów wybuchowych. Była to siła równa dywizji regularnej piechoty, ale bez broni ciężkiej.
1 września 1939 roku funkcjonariusze Straży Granicznej byli przygotowani na niemiecki atak i jako pierwsi równocześnie z żołnierzami z Westerplatte przyjęli na siebie atak wroga.
1 września 1939 roku o 4.00 rano załoga placówki Straży Granicznej w Mławie oddała pierwsze strzały do wkraczających do Polski oddziałów niemieckich alarmując regularne jednostki wojskowe. Na głównych kierunkach niemieckiego natarcia jednostki Straży Granicznej co prawda szybko przeszły do działań dywersyjnych i opóźniających, ale tam, gdzie nacisk niemiecki nie był taki silny, czołowe oddziały niemieckie były skutecznie powstrzymywane. W rejonie Krotoszyna został przeprowadzony nawet kontratak na terytorium niemieckie. Wszystkie pododdziały SG, które przyjęły na siebie pierwszy szturm niemiecki, wycofywały się ze swoich pozycji na rozkaz przełożonych lub po ciężkich walkach pod naporem wroga.
Po pierwszych godzinach walk oddziały Straży Granicznej weszły w skład jednostek liniowych, którym były podporządkowane dzieląc z nimi żołnierski los.
W pierwszym dniu wojny, Chojnic i Czerska bronili strażnicy graniczni wraz z plutonem wzmocnienia. Wycofując się w kierunku Rawy Ruskiej, dostali się do niewoli. Udało im się uciec, ale ponownie zostali zatrzymani w okolicach Góry Kalwarii, gdzie przebywali chcąc przedostać się do Warszawy. Opór stawiali też pogranicznicy na odcinku komisariatu Konarzyny i Kamień. Stacjonowała tam kompania cyklistów, którym udało wycofać się w okolice Tucholi, gdzie dołączyli do armii „Pomorze”. Brali następnie udział w bitwie nad Bzurą, a po jej stoczeniu przedostali się do Warszawy. W składzie 360 ostatpp Obrony Warszawy pod dowództwem płk. J.W. Chmury, oficera Straży Granicznej, kompania walczyła aż do kapitulacji stolicy (za Muzeum Polskich Formacji Granicznych).
Ostatni Komendant Główny Straży Granicznej, dowódca obrony Warszawy gen. bryg. Walerian Czuma.
Ostatnim akordem wojennej epopei SG była heroiczna obrona Warszawy, którą zorganizował i którą kierował ostatni Komendant Główny SG, gen. bryg. Walerian Czuma. Jego sztab w pierwszym składzie stanowili oficerowie Komendy Głównej Straży Granicznej. W obronie stolicy uczestniczyły także pojedyncze jednostki Straży Granicznej, które wraz ze swoimi jednostkami wojskowymi wycofywały się od granicy.
